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Le format standard d'une plaque de puits profond est une plaque de 96 puits, mais d'autres formats sont également disponibles, y compris des assiettes à 24 puits, 384 et à 1536 puits. Ces différents formats offrent une flexibilité dans la capacité des échantillons et permettent une utilisation plus efficace des réactifs et de l'espace de laboratoire. Par exemple, les plaques à 24 puits conviennent aux études à petite échelle, tandis que les plaques à 384 puits et à 1536 puits sont couramment utilisées pour les expériences de criblage à haut débit.